Le manga met en scène Yûgi Muto, un jeune lycéen timide et expert en jeux de cartes. Un jour, il reçoit de son grand-père un objet trouvé lors d'une fouille en Égypte : le puzzle du Millénium. Nul n'était auparavant parvenu à reconstituer cet objet antique, mais le jeune Yûgi réussit finalement à l'assembler. À cet instant est libéré l'esprit d'un ancien pharaon d'Égypte, enfermé jusqu'alors dans le puzzle, qui viendra habiter le corps de Yûgi. C'est un être sûr de lui et ne reculant jamais devant rien. Cependant, peu de gens sont au courant de la vérité. Le pharaon est Spécialiste de tous les types de jeu. Il est d'ailleurs le maître du jeu des ténèbres. Mais pour une raison inconnue, il ne se souvient pas de son passé ni de qui il est exactement. après de successifs affrontements contre son grand rival Seto Kaiba au duel de monstres (Magic & Wizard dans le manga), il découvre petit à petit sa véritable identité, celle d'un pharaon qui a vécu il y a 3 000 ans (5 000 ans dans l'anime), et dont l'esprit a été scellé dans le puzzle du Millénium. La clé de sa victoire contre les forces maléfiques du temps où il régnait sur l'Égypte est en fait son propre nom. Il s'agit du pharaon Atem.